U razdoblju od 1991. do danas Žarka Vujić surađivala je u različitom opsegu i statusu na sedam znanstvenih projekata:
- 1991. Likovna baština Hrvatske 1850-1950, voditelj: dr. Ivanka Reberski u svojstvu istraživača-suradnika s 80% i na projektu Modeli znanja i komunikacijski obrasci (voditelj: prof. dr. Miroslav Tuđman) s 20%.
- 1997. – 2000. Zaštita i komunikacija kulturne baštine Hrvatske (voditelj: prof. dr. Ivo Maroević)
- od 1998. vlastiti podprojekt Izvori muzeja u Hrvatskoj
- 1998. – 2002. Zrinski i Europa (voditelj: prof. dr. Jadranka Damjanov)
- 2001.-2004. Hrvatski identitet u marketingu mjesta i razvojnoj strategiji (voditelj: prof.dr. Tomislav Šola)
- 2006. - 2013. Istraživanje korisnika baštine (vlastiti projekt)
Gledajući u cjelini, njen je znanstveno-istraživački napor od početka bio usredotočen na tri područja - na povijesnu muzeologiju (fenomen povijesti muzeja i sabiranja u Hrvatskoj), na teorijsku muzeologiju (fenomen sabiranja i oblikovanja zbirki, dodjeljivanje značenja i stvaranje baštine) te na interdisciplinarno povezivanje muzeologije i povijesti umjetnosti.
Od godine 2006., ponajviše poradi potreba muzejske profesionalne zajednice u Hrvatskoj, a s kojom dr.sc. Žarka Vujić iznimno dobro surađuje, opredijelila se za posvema novo područje, područje istraživanja korisnika i u okvira njega počela davati zapažene rezultate