Janja Mavrović Mokos rođena je 1983. godine u Čakovcu. Osnovnu školu i gimnaziju završava u Zagrebu, gdje 2002. godine upisuje dvopredmetni studij arheologije i povijesti na Filozofskom fakultetu. Tijekom 2008. godine diplomirala je na temi ˝Višeglave igle kao element muške nošnje˝ kod mentora dr. sc. Hrvoja Potrebice. Od 1. 10. 2008. godine zaposlena je kao znanstveni novak na projektu dr. sc. Hrvoja Potrebice ˝Elite brončanog i željeznog doba na prostoru Hrvatske˝ na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu, na Katedri za prapovijesnu arheologiju. Iste godine upisuje i poslijediplomski doktorski studij. Tijekom studija i kasnije kao diplomirani arheolog sudjeluje na brojnim sustavnim i zaštitinim arheološkim istraživanjima. Neka od njih su Kaptol, Sv. Križ, Budinjak, Drenje, Virovitica – Kiškorija sjever, Ilok – Dvor knezova iločkih, Kaznica – Rutak, Čepinski Martinci – Dubrava. U nastavi sudjeluje u kolegijima vezanim za brončano doba. Od 2013. godine sudjeluje u međunarodnom projektu ENTRANS (Encounters and transformations in Iron Age Europe), čiji je voditelj hrvatskog projekta dr. sc. Hrvoje Potrebica. Od 2015. godine sudjeluje na Istraživačkom projektu Hrvatske zaklade za znanost ˝Pogrebni običaji starijeg željeznog doba u južnoj Panoniji – raskrižja identiteta˝, čiji je voditelj također dr. sc. Hrvoje Potrebica. Od 2016. godine sudjeluje na projektu ˝IRON-AGE-DANUBE - MONUMENTALIZED EARLY IRON AGE LANDSCAPES IN THE DANUBE RIVER BASIN˝ kao članica Centra za prapovijesna istraživanja koji je pridruženi član projekta.. U rujnu 2014. godine obranila je doktorsku disertaciju pod nazivom ˝Početak srednjega brončanoga doba na prostoru zapadne Slavonije – geneza i utjecaji˝ pod mentorstvom dr. sc. Hrvoja Potrebice. Nakon obrane doktorata, iste je godine izabrana u zvanje poslijedoktorandice, a 2017. godine je izabrana u znanstveno zvanje znanstvenog suradnika. Od 2009. godine voditeljica je arheoloških istraživanja na lokalitetu srednjega brončanoga doba Alilovci Lipje u Požeškoj kotlini, od 2016. vodi istraživanja na stariježeljeznodobnom lokalitetu Draganić – Ilijina glavica u blizini Jastrebarskog te od 2019. preuzima istraživanja na još jednom stariježeljeznodobnom lokalitetu Sveti Križ kod Zaprešića.