Krešimir Filipec rođen je 1969. u Zagrebu gdje je završio osnovnu i Klasičnu gimnaziju. Godine 1988. upisuje studij jednopredmetne arheologije, a nakon odsluženja vojnog roka 1990. studij jednopredmetne povijesti na Filozofskom fakultetu na kojemu je diplomirao arheologiju 1995. Kao pripadnik Oružanih snaga Republike Hrvatske bio je u borbenom sektoru na Banovinskoj bojišnici 1991. i 1992. Od 1996. zaposlen je kao asistent na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu na Katedri za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju. Na Filozofskom fakultetu je magistrirao (1998.) i doktorirao (2002.). Godine 2004. izabran je u znanstveno-nastavno zvanje docenta, 2010. u zvanje izvanrednog profesora, a 2018. u zvanje redovitog profesora na Katedri za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju. Vodio je mnogobrojna zaštitna arheološka istraživanja diljem Hrvatske, kao i više stručnih te domaćih i međunarodnih znanstveno-istraživačkih projekata. Nositelj je svih kolegija vezanih uz kasnu antiku, seobu naroda, opću srednjovjekovnu, kasnosrednjovjekovnu i novovjekovnu arheologiju te arheologiju suvremenog doba na preddiplomskom, diplomskom i poslijediplomskom studiju Odsjeka za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Sudjeluje u izvođenju nastave na poslijediplomskom doktorskom studiju predmoderne povijesti na Odsjeku za povijest Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Predaje ranosrednjovjekovnu arheologiju na Katedri za arheologiju na Odsjeku za historiju Filozofskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu. Do sada je objavio više knjiga i desetke stručnih i znanstvenih radova. Kao pomoćnik ministra kulture vodio je Upravu za zaštitu kulturne baštine u Ministarstvu kulture Republike Hrvatske 2004. i 2005. Bio je član Savjeta Hrvatskog centra za razminiranje i Savjeta za obnovu grada Vukovara od 2004. do 2005. Od 2012. predsjednik je Centra za ranosrednjovjekovno istraživanja Zagreb-Lobor. Od 2009. do 2011. bio je pročelnik Odsjeka za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, od 2009. do 2019. bio je predstojnik Katedre za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu, od 2012. do 2016. bio je predsjednik Upravnog vijeća Muzeja hrvatskih arheoloških spomenika u Splitu, a od 2019. predstojnik je Arheološkog zavoda Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.

voditelj projekta: Južna Panonija u ranom srednjem vijeku 2004. - 2012.

suvoditelj je projekta: Etnokulturni i državotvorni procesi u ukrajinskom Prikarpaću i sjevernoj Hrvatskoj u drugoj polovici I. tis. n. e., Lviv Ivan Franko State University, Department of Archaeology, Lviv. 2010.-2012.

voditelj mnogobrojnih sustavnih i zaštitnih arheoloških istraživanja u Hrvatskoj od 1995. do danas

voditelj je projekta HRZZ-a: Lobor ranosrednjovjekovno središte moći